საქართველოს წყლის სახეობების ეროვნული ფედერაციის სტრუქტურა აგებულია თანამედროვე მმართველობის პრინციპებზე და უზრუნველყოფს ფედერაციის საქმიანობის გამჭვირვალე, ეფექტურ და პროფესიულ წარმართვას.
ფედერაციას ყავს მმართველი გუნდი, რომელიც განსაზღვრავს საერთო სტრატეგიულ მიმართულებებს, ამტკიცებს დებულებებსა და ძირითად გადაწყვეტილებებს.
აღმასრულებელ დონეზე ფედერაციას ხელმძღვანელობს პრეზიდენტი, ხოლო ყოველდღიურ ოპერაციულ საქმიანობას მართავს აღმასრულებელი დირექტორი.
